Le Kremlin avait révélé peu auparavant avoir informé le président russe d'une information sur des préparatifs d'attentat-suicide en Iran.
L'Iran a catégoriquement démenti la nouvelle, rapportée par l'agence russe interfax citant une source "au sein des services spéciaux russes".
M. Poutine a refusé de répondre aux questions des journalistes sur cette rumeur d'assassinat à son arrivée dans un restaurant près de Wiesbaden, une ville d'eau sur le Rhin à l'ouest de Francfort, où l'attendait Mme Merkel.
"Plus tard", a-t-il lancé avec un geste du bras, comme pour couper court aux questions.
Le président russe a entamé sa visite avec plus de deux heures de retard, officiellement en raison du mauvais temps qui régnait à son départ de l'aéroport de Moscou.
Il a offert un grand bouquet de fleurs à Mme Merkel et échangé avec elle quelques amabilités en allemand avant d'attaquer un rôti de porc accompagné de Riesling et de Pinot noir.
Ces neuvièmes consultations germano-russes, dans une station thermale fréquentée par la noblesse de la Russie tsariste, doivent se terminer lundi après-midi. Elles réunissent d'importantes délégations de part et d'autre et doivent porter aussi bien sur les échanges économiques que sur les questions géopolitiques.
Mais ces dernières devraient peser lourd sur l'agenda.
Qu'il s'agisse de questions d'équilibre stratégique, d'accorder l'indépendance à la province serbe du Kosovo ou d'isoler l'Iran par de nouvelles sanctions, Moscou s'oppose de plus en plus ouvertement aux Etats-Unis et à leurs alliés.
M. Poutine manifeste surtout son exaspération devant la poursuite du projet américain de bouclier anti-missile, censé protéger l'Europe de missiles d'Etats "hostiles" comme l'Iran, mais dans lequel Moscou voit une menace.
Les Etats-Unis veulent installer un radar en République tchèque et des missiles intercepteurs en Pologne. Moscou ne veut pas de ces installations, "à sa porte", dans deux anciens pays satellites de l'URSS.
Mme Merkel, ferme alliée de Washington, suggère depuis des mois que le projet soit discuté dans le cadre de l'Otan, alors que les Etats-Unis ont négocié de façon bilatérale avec Prague et Varsovie.
Lors d'une visite dimanche de la secrétaire d'Etat américaine Condoleezza Rice et de son homologue à la Défense Robert Gates, Moscou a menacé de dénoncer un second traité de désarmement si les Etats-Unis ne renonçaient pas à leur projet.
Le traité FNI, qui a permis d'éliminer des missiles nucléaires de portée intermédiaire qui menaçaient surtout l'Europe, est ainsi remis en cause, après le traité FCE qui limite le nombre de blindés, de canons et de troupes en Europe.
Face au Kosovo, province serbe qui réclame l'indépendance avec l'appui de l'Occident, la Russie soutient la Serbie, son allié traditionnel.
De plus Moscou continue à s'opposer à de nouvelles sanctions réclamées par les Etats-Unis et leurs alliés pour dissuader l'Iran de se doter de l'arme nucléaire.
Mme Merkel, qui ne mâche pas ses mots face à M. Poutine, a cependant insisté samedi sur l'importance du partenariat avec le puissant voisin russe.
"Nous pouvons discuter franchement de nos différences d'opinion, mais nous pouvons aussi trouver des sujets d'entente", a-t-elle déclaré dans son intervention vidéo hebdomadaire.