Peu avant son discours, les hymnes nationaux des deux pays ont été joués sur le parvis du parlement, et le drapeau allemand hissé.
Une dizaine de députés, sur les 120 que compte la chambre, n'ont pas assisté à cette intervention historique, certains pour protester contre l'usage de l'allemand dans un pays où est entretenu le souvenir des six millions de juifs tués par les nazis.
"Ma protestation concerne la décision de permettre qu'un discours en langue allemande soit entendu à la Knesset. Je sais que les derniers sons entendus par mes grands-parents et mes oncles, que je n'ai pas connus, étaient ceux de la langue allemande", avait déclaré plus tôt le député d'extrême-droite, Arieh Eldad, en référence aux membres de sa famille disparus lors de la Shoah.
Revenant à sa langue maternelle, la chancelière n'a pas éludé cette sombre page dans l'histoire de son pays.
"Nous autres, Allemands, la Shoah nous emplit de honte. Je m'incline devant ses victimes, ses survivants et ceux qui les ont aidés à survivre", a-t-elle dit sur un ton grave.
"Allemands et Israéliens sont et seront toujours liés d'une manière particulière par la mémoire de la Shoah", a-t-elle poursuivi au troisième et dernier jour de sa visite qui s'inscrit dans le cadre des festivités marquant le 60e anniversaire de la création de l'Etat d'Israël.
"Je vous remercie tous de m'avoir permis de m'adresser à vous dans ma langue maternelle", a souligné cette dirigeante née après la fin de la Seconde guerre mondiale.
La menace iranienne contre Israël a également figuré en bonne place dans son discours. "Les menaces que font peser les Iraniens sur Israël et le peuple juif sont sans aucun doute une source d'inquiétude. Ce n'est pas au monde qu'il revient de prouver que l'Iran fabrique la bombe atomique mais à l'Iran de convaincre le monde qu'il ne veut pas se doter de l'arme atomique".
Auparavant, le Premier ministre israélien Ehud Olmert a salué Mme Merkel pour sa position très ferme sur le dossier nucléaire iranien, évoquant sa récente intervention selon laquelle "toute atteinte à la sécurité d'Israël équivaut à une atteinte à la sécurité de l'Allemagne".
"Le problème de l'Iran dépasse les frontières d'Israël et constitue une menace pour la paix du Proche-Orient et du reste du monde", a ajouté M. Olmert.
Le chef de l'opposition israélienne, Benjamin Netanyahu, a lui aussi saisi l'occasion pour réaffirmer à la Knesset que "l'Iran doit savoir qu'il existe une option militaire".
Concernant le conflit israélo-palestinien, la chancelière allemande a évoqué les tirs de roquettes des groupes armés palestiniens depuis Gaza contre le sud d'Israël. "Je le dis clairement et sans équivoque : les attaques à la roquette du Hamas doivent cesser".
"L'Allemagne n'abandonnera jamais Israël et demeurera son partenaire et réel ami", a-t-elle affirmé, avant d'adresser ses "voeux les plus chaleureux pour le 60e anniversaire" de l'Etat d'Israël et de conclure par "Shalom".
Les islamistes du Hamas, au pouvoir à Gaza, ont critiqué les déclarations de Mme Merkel lors de sa visite en Israël, affirmant qu'elles reflétaient "la décadence morale dans laquelle cette chancelière est tombée en apportant un soutien sans faille à une entité sioniste usurpatrice qui commet des massacres contre les enfants, les vieillards et les femmes du peuple palestinien".
Angela Merkel n'a rien à dire contre le Camp de Gaza... Les Palestiniens seraient-ils pour elle des sous-hommes? On n'ose le croire d'une bonne chrétienne.
Démocrate-Chrétienne (CDU), Angela Merkel, née à Hambourg le 17 juillet 1954, est la fille d'un pasteur, Horst Kasner et d'une institutrice, Herlind Kasner.